Гидроморфные почвы характеризуются доминированием болотного почвообразовательного процесса на болотах и поемного в поймах рек, занимают около 35% площади области. Наиболее широко представлены тип болотных верховых почв и различные типы пойменных почв.
На болотные верховые почвы в Томской области приводится около 30% ее площади. Формируются они при избыточном увлажнении атмосферными водами, при отсутствии дренажа под влаголюбивой растительностью, при небольшом содержании питательных элементов в субстрате и кислой реакции среды. По степени развития процесса почвообразования различают два подтипа болотных верховых почв: торфяно-глеевые и торфяные.