В результате действия почвообразовательных процессов и факторов почвообразования на территории области выделяются три рода почв: автоморфные, полугидроморфные и гидроморфные.
Автоморфные почвы приурочены к повышенным незаболоченным элементам рельефа и занимают около 30% территории области. Они делятся на три типа: подзолистые, серые лесные и черноземы.
Подзолистые почвы широко распространены на севере и в центральной части Томской области, имеют различный механический состав — от песчаного до легкосуглинистого. В северной зоне господствующими являются сильноподзолистые почвы и подзолы различного механического состава, развитые на бескарбонатных суглинистых и песчаных отложениях под сомкнутыми хвойными лесами, располагающиеся узкими полосами вдоль рек и на высоких гривах междуречий. Южнее доминируют дерново-подзолистые почвы.
У песчаных и супесчаных подзолистых почв и подзолов эти признаки выражены меньше. Здесь в иллювиальном горизонте появляются ржаво-коричневые прожилки или охристо-железистые прослойки, имеющие ортштейновый характер.
Серые лесные почвы господствуют в южной части области на хорошо дренированных участках, под пологом лиственных лесов или под культурными насаждениями. В этих почвах сочетаются дерновый и подзоло-образовательный процессы. В области встречаются все три подтипа этого типа почв: светло-серые, серые и темно-серые лесные. Почвы обычно оподзолены.
Светло-серые лесные почвы являются переходными от дерново-подзолистых почв к серым лесным. Гумусовый горизонт характеризуется светло-серой окраской, мощность его 10 — 25 см. Элювиальный горизонт сильно осветлен, белесоватый с желтоватым оттенком, комковато-плитчатой структуры. Хорошо выделяются переходный горизонт, имеющий коричневато-белесо-бурый цвет и ореховато-комковатую структуру, а также мощный иллювиальный горизонт В, характеризующийся значительной плотностью, темно-бурой окраской и комковато-ореховатой структурой.