Реки. Реки предгорий Кузнецкого Алатау па юго-востоке территории заметно отличаются от равнинных рек большими уклонами, скоростями течения глубиной вреза русла. На небольших таежных реках равнины, уклоны и скорости течения невелики, русла очень извилисты, много заломов, наблюдается главным образом боковая эрозия.
Озера. В Томской области озера распространены не так широко, как в других районах Западно-Сибирской равнины. Однако имеется много озер небольших размеров, количество которых возрастает к северу! Так, озерность водосбора р. Тым достигает 3%.
Большая часть Томской области входит в зону выпуклых олиготрофных сфагновых болот. Годовое количество осадков здесь больше испарения, поэтому болота распространена практически на всех элементах рельефа, причем преобладают верховые болота атмосферного питания с выпуклой поверхностью.
В целом для сильно заболоченных районов Томской области характерно чередование приречных дренированных полос, обычно покрытых лесом, с заболоченными водораздельными и приводораздельными пространствами. На низких речных террасах распространены низинные болота. Для предгорий же Кузнецкого Алатау, отличающихся расчлененным рельефом, характерно весьма слабое развитие болото-образовательного процесса.